Mais en 1827, jugeant que ses découvertes n'ont pas suffisamment été prises en compte, il l'attaque violemment :
« Les trois premières [livraisons] ont paru à une époque où la science égyptienne était tout entière, selon certaines assertions du moins, dans la seule commission d'Égypte ; mais, du moment que cette science existe au dehors de la commission, sans en être sortie pour cela, il devenait convenable, pour ne pas dire nécessaire, que la Description de l'Egypte, ouvrage public, ne se montrât pas si fort au-dessous du niveau des connaissances actuelles sur le système graphique de l'ancienne Egypte : on devait d'abord rejeter tous les dessins d'inscriptions hiéroglyphiques dont la fidélité était douteuse, et celles surtout dont les nouvelles découvertes avaient d'avance démontré toute l'inexactitude. Mais on n'a nullement songé à ces suppressions ni à ces corrections... » (Bulletin des sciences historiques, antiquités, philologie, t. VII, p. 44-49).